Windows: %AppData%\RetroFixWorkshop\Projects
macOS: ~/Library/Application Support/RetroFixWorkshop/Projects
Для переноса скопируйте папку Projects на новый компьютер в аналогичный путь. Альтернативно: используйте меню Файл → Экспортировать проект — программа создаст архив .rfx, который можно открыть на любой установке RetroFix Workshop той же или более новой версии.